SMK Negeri 1 Samarinda bermula dari sebuah Sekolah Swasta yaitu Sekolah Menengah Ekonomi Tingkat Atas ( SMEA ) yang didirikan pada tahun 1962, dimana sekolah inilah yang menjadi cikal bakal SMK Negeri 1Samarinda. Pada awal berdirinya sekolah ini beralamatkan di Jalan Bhayangkara menumpang pada SMA Negeri Samarinda. Pada tahun 1974 setelah sekolah ini dinegerikan pindah ke Jalan Pahlawan No.4 Kelurahan Dadi Mulya Kecamatan Samarinda Ulu Kota Samarinda dan saat ini lokasi SMK Negeri 1 Samarinda terletak di pusat kota yang sangat strategis.

Berdasarkan SK No.610 / B.III / Kedj / 1964 tanggal 1 Desember 1964 sekolah ini berubah menjadi SMEA Negeri Samarinda di bawah kepemimpinan Bapak M.ELHAM KURDIE,B.Sc, dimana pada saat itu mempunyai dua rumpun yaitu Rumpun Perniagaan dengan Program Studi Tata Niaga dan Rumpun Tata Buku dengan Program studi Akuntansi.

Kemudian pada tahun 1968 pimpinan SMEA ini digantikan oleh bapak HERMAN SJUKUR,BA tetapi kepemimpinan beliau tidak berlangsung lama karena pada tanggal 1 Oktober 1968 beliau digantikan oleh Bapak M.St.TOEA SIREGAR,BA .

Pada tahun 1971 jabatan Kepala Sekolah Bapak M.St.TOEA SIREGAR,BA digantikan oleh Bapak SLAMET,BA. Pada saat kepemimpinan beliau sekolah ini mempunyai 4 rumpun yaitu :

1.      Rumpun Keuangan dengan Program Studi Akuntansi

2.      Rumpun Perkantoran dengan Program studi Ketatausahaan

3.      Rumpun Perdagangan dengan Program Studi Manajemen Pemasaran

4.      Rumpun Koperasi dengan Program Studi Manajemen Pemasaran, namun rumpun ini dihapuskan karena peminatnya kurang.

Selanjutnya mulai tahun 1978 pimpinan SMEA digantikan oleh Bapak Drs. Syamsul Masri dan di bawah kepemimpinan beliau nama SMEA Negeri 1 Samarinda berubah menjadi SMEA Pembina Samarinda berdasarkan SK Mendikbud nomor : 090 / 0 / 1979 tanggal 26 Mei 1979.

Pada tahun 1981, nama SMEA Pembina Samarinda berubah lagi menjadi SMEA Negeri 1 Samarinda berdasarkan SK Pemutihan Pendirian Sekolah Negeri oleh Mendikbud dengan nomor: 0436 / 0 / 1981 tanggal 30 Desember 1981.

Pada tahun 1989 sekolah ini menambah 1 rumpun lagi yaitu Rumpun Pariwisata. Dengan Program Studi Usaha Jasa Pariwisata sesuai dengan surat keputusan  Direktur Pendidikan Menengah Kejuruan  tanggal 8 Mei 1992 Nomor : 2980/C/I/1992 perihal Pembukaan Program Studi Usaha Perjalanan Wisata. Pada tahun 1990 kepemimpinan Bapak Drs. Syamsul Masri digantikan oleh Bapak Drs.H.Sunardi,M.Pd. Pada saat kepemimpinan beliau tepatnya tanggal 3 April 1997 sekolah ini berubah menjadi Sekolah Menengah Kejuruan ( SMK ) Negeri 1 Samarinda berdasarkan SK Mendikbud Nomor : 036 / 0 / 1997 tanggal 3 April 1997.

Pada tanggal 1 Juli 2002 kepemimpinan Bapak Drs.H.Sunardi ,M.Pd digantikan oleh Bapak Drs.H.M.Arifin,MM sampai dengan tanggal 5 Juli 2006. Berdasarkan Surat Keputusan Walikota Samarinda Nomor : 824/0368-SK/Peg-II/2006, tanggal 26 Juni 2006, mulai tanggal 5 Juli 2006 Kepala SMK Negeri 1 Samarinda digantikan oleh Bapak SUWAR,S.Pd.  Dan sampai saat ini SMK Negeri 1 Samarinda memiliki 3 Bidang Keahlian dan 6 Program Keahlian yaitu :

1.      Bidang Keahlian Bisnis dan Manajemen dengan Program Keahlian :

a.       Akuntansi

b.       Administrasi Perkantoran

c.        Penjualan

2.      Bidang Keahlian Pariwisata dengan Program Keahlian Usaha Jasa Pariwisata

3.      Bidang Keahlian Teknologi Informasi dan Komunikasi dengan Program Keahlian:

a.       Multi Media

b.       Teknik Komputer dan Jaringan

Seiring dengan perkembangan pendidikan yang semakin banyak tuntutan, dewasa ini SMK Negeri 1 Samarinda terus berbenah diri dengan melakukan langkah-langkah yang riil dalam bidang manajemen  keuangan, ketenagaan, kesiswaan, sarana prasarana dan hubungan dengan dunia usaha dan industri, hal ini telah terbukti dari hasil kerja keras selama ini telah membuahkan hasil yang cukup menggembirakan, salah satu diantaranya adalah Program Keahlian Usaha Jasa Pariwisata telah dinominasikan menjadi Standart Nasioanal dan akan diupayakan menjadi Standart Internasional.